Tools
Celebrada la V Conferencia Anual de las Plataformas de Investigación Biomédica
Bajo el lema Fomentando la Open Innovation, los más de 230 asistentes que asistieron en Barcelona a la V Conferencia Anual de investigación biomédica, abordaron la necesidad de seguir promoviendo los modelos de cooperación publico-privada basados en el concepto de open innovation en el ámbito de la I+D+i biomédica. Todas las presentaciones y vídeos están disponibles en www.medicamentos-innovadores.org. El GRIB coordina junto con Farmaindustria la Plataforma Española de Medicamentos Innovadores, coorganizadores del evento.
8/3/2012
“Hace falta más cohesión, superar más fronteras”
Nacido en Barcelona en 1951, Ferran Sanz es el coordinador del GRIB y catedrático del Departamento de Ciencias Experimentales y de la Salud de la Universidad Pompeu Fabra (UPF). En esta entrevista al diario digital El Librepensador Ferran Sanz nos explica cómo ha llegado donde está ahora.
Open PHACTS tool shows early promise
A prototype of a novel data mining tool developed by IMI project Open PHACTS has proven its worth, identifying relevant information in just seconds, while a traditional human search took days. Researchers of different laboratories of GRIB (Computer Assisted Drug Design, Chemogenomics and Integrative Bioinformatics) are participants of this project. Open PHACTS is using semantic web technology to develop a tool called the Open Pharmacological Space (OPS).‘The OPS system not only correctly identified all compounds, it also found one additional drug, which was later on confirmed in a manual search,’ commented Open PHACTS academic coordinator, Gerhard Ecker of the University of Vienna. The team hopes to have a more advanced version ready for the full consortium to test by March.
21/2/2012
Ignasi Buch guanya el VIII Premi Joan Oró en la modalitat multimèdia
Proteïnes protagonistes és el títol de l'audiovisual del qual Ignasi Buch, doctorand del Programa de Recerca en Informàtica Biomèdica (GRIB, UPF-IMIM), n'és el seu director, guionista i il·lustrador, que ha guanyat la vuitena edició del Premi Joan Oró a la divulgació de la recerca científica en la modalitat multimèdia. La realització i el grafisme ha anat a càrrec d'Inés Navarro, col·laboradora de l 'Observatori de la Comunicació Científica de la UPF.
Proteïnes protagonistes ens explica el paper de les proteïnes dins de qualsevol ésser viu així com també els fonaments de la dinàmica molecular, una nova tècnica per investigar-les mitjançant l'observació dels moviments dels àtoms que les composen.
Ignasi Buch és biotecnòleg per la UAB i màster en Bioinformàtica pel Departament de Ciències de la Salut i de la Vida de la UPF. Actualment està fent el seu doctorat sobre aquest mateix tema al Laboratori de Bioquímica i Biofísica Computacional (LBBC) al Programa de Recerca en Informàtica Biomèdica (GRIB).
El Premi Joan Oró a la divulgació de la recerca científica, que té modalitat escrita i multimèdia, vol incentivar en el joves investigadors la capacitat per comunicar el contingut i el valor de la seva recerca científica i facilitar la publicació del seu treball de divulgació als mitjans de comunicació.
19/1/2012
Conferencia anual de las Plataformas de Investigación Biomédica
Las Plataformas Tecnológicas de Medicamentos Innovadores, Nanomedicina, Tecnología Sanitaria y Mercados Biotecnológicos, coordinadas por su respectivas patronales, Farmaindustria, Fenin y Asebio, organizan en Barcelona los próximos días 14 y 15 de febrero, la V Conferencia Anual de las Plataformas de Investigación Biomédica con el objetivo de fomentar la Open Innovation. A través de diferentes sesiones se presentarán un amplio abanico de recientes iniciativas y proyectos puestos en marcha, que reflejan los cambios que se están produciendo en el nuevo modelo de I+D+i biomédica y que implican la necesidad de una mayor colaboración entre todos los stakeholders público-privados. Asimismo, se podrán conocer las novedades que en el marco europeo se están produciendo en el ámbito de las diferentes plataformas.
El boletín de inscripción está disponible en www.medicamentos-innovadores.org.
31/1/2012
Jordi Mestres participa en un dels tres únics projectes finançats per l’ISCIII en el marc del “Consorci Internacional de Malalties Rares”
L’Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) finançarà, en el marc del “Consorci Internacional de Malalties Rares (IRDiRC)”, tres únics projectes de recerca col·laboratius en tot l’Estat espanyol, un dels quals és l’anomenat “DRUGS4RARE: Reposicionament de fàrmacs per malalties rares”. En aquest projecte, liderat per Jordi Quintana, responsable de la Plataforma Drug Discovery del Parc Científic Barcelona (PCB), hi participa Jordi Mestres, coordinador del grup de recerca en Quimiogenòmica de l’IMIM (Institut de Recerca Hospital del Mar) i de la Universitat Pompeu Fabra (UPF).
L’IRDiRC és una iniciativa internacional que va sorgir l’any 2011 a proposta de la Comissió Europea i de l’Institut Nacional de la Salut dels Estats Units (NIH) per aprofundir i avançar en el coneixement de les malalties minoritàries, i amb l’objectiu de desenvolupar 200 noves estratègies terapèutiques i diagnòstiques en malalties rares i fomentar registres globals en base a registres estatals. Espanya va ser el primer país europeu que va signar l’adhesió al Consorci.
11/1/2012
Identified: New mechanism of tumoral cells reprogramation
A work published in Nature Medicine describes a new reprogrammation mechanism of the gene expression that turn into tumoral a health cell. The ICREA researcher Eduardo Eyras, head of the Regulatory Genomics Group at GRIB ( UPF-IMIM) have participated in this study.
One of the most relevant results of this study has been to establish that CPEB4 acts as a cell orchestra conductor which turns on hundreds of genes linked to tumoral growth.
The innovation is that it wouldn't be only the mutation of a concrete gene which would promote the tumor growth, but the expression in the incorrect place that "activates" hundreds of messenger molecules (mARNs) that deliver the information contained in the genes to synthesize the proteins without these genes having been mutated.
Article Reference:
22/12/2011
Join us at the XIth Spanish Symposium on Bioinformatics (JBI2012) in Barcelona
The XIth Spanish Symposium on Bioinformatics (JBI2012) will take place in January 23-25, 2012 at the Barcelona Biomedical Research Park (PRBB) in Barcelona (Spain) co-organised by the Spanish Institute of Bioinformatics and the Portuguese Bioinformatics Network
This year, the reference topic is “Genome Architecture, Annotation and Design” for which the conference will provide the opportunity to discuss the state of the art for the integration of the fields of biology, medicine and informatics.
22/12/2011
Mutations caused by insertions of DNA short sequences are frequent than thought
The GRIB Evolutionary Genomics Research Group (UPF-IMIM) has described for the first time how insertions of one or more nucleotides in DNA are as common as deletions (the loss of a DNA fragment) in most mammals' genomes, in contrast to what was previously thought. The study has been based on a new algorithm, called Prank-F that makes better the detection of insertions.
"There has been little investigation in the past about the role of insertions and eliminations of DNA sequences, because they are difficult to study. Our work shows that insertions and eliminations are also important in the function of proteins," said Steve Laurie, IMIM researcher and the first author of the article.
The study has enabled a better estimate of the possible bias between deletions and insertions in different evolutionary periods. "We found that there was a systematic loss of DNA sequences in the ancestors of modern rodents due to an increase in deletions," explained Mar Albà, ICREA researcher at the IMIM and coordinator of the Evolutionary Genomics Group of GRIB (UPF-IMIM).
Article de referència: “Sequence shortening in the rodent ancestor”. Steve Laurie, Macarena Toll-Riera, Núria Radó-Trilla, Mar Albà. Genome Research published on line November 29, 2011. Doi. 10.1101/gr.121897.111
