26/10/2016

Una eina web per ajudar a detectar mutacions cancerígenes

Els correctes tractament i diagnòstic del càncer depenen cada vegada més del'anàlisi genètica dels pacients. En aquesta anàlisi es busquen alteracions en l'ADN del tumor, anomenades mutacions, que puguin tenir un valor diagnòstic, pronòstic o terapèutic per a la malaltia. Per poder identificar aquestes mutacions s'ha de seqüenciar l'ADN del tumor, ja sigui abastant tot el seu genoma, el seu exoma (és a dir, la part funcional del genoma) o bé només certs gens o regions gèniques, que s'inclouen en panells. La seqüenciació mitjançant panells presenta avantatges respecte a la seqüenciació de tot el genoma o exoma perquè, a més de comptar amb un coeficient de cost / benefici millor, els panells detecten menys falsos positius gràcies a la seva major sensibilitat.

Hi ha panells de seqüenciació predissenyats i comercialitzats per diverses empreses, però normalment es tracta de panells inespecífics, ja que estan pensats per seqüenciar qualsevol tipus de tumor. La relació cost/benefici per respondre a preguntes específiques, com ara el diagnòstic precoç d'un tipus de tumor concret, sol ser baixa, atès que la majoria de les regions genòmiques incloses resulten irrellevants. Els investigadors o clínics, cada cop més, decideixen dissenyar panells específicament adaptats a la pregunta que intenten respondre. Per poder confeccionar la llista dels gens o les regions gèniques adequats a incloure en el panell (és a dir, per dissenyar el panell) els investigadors han de dur a terme una cerca exhaustiva en estudis científics previs i integrar informació de bases de dades que es troben disperses a internet. A més, resulta molt difícil estimar per avançat el coeficient de cost / benefici del panell dissenyat en el grup de pacients amb el tipus de càncer d' interès.

Per resoldre aquests problemes, el grup de Genòmica Biomèdica del Programa de Recerca en Informàtica Biomèdica (GRIB), programa conjunt entre la Universitat Pompeu Fabra (UPF) i l'Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques (IMIM), ha creat OncoPaD. Aquesta és la primera eina web oberta a tota la comunitat científica per dissenyar panells de seqüenciació per càncer que tenen en compte el coneixement previ rellevant al tipus de tumor d'interès i el cost/benefici estimat pot ser ajustat pels investigadors.

"Mitjançant una interfície senzilla i intuïtiva, OncoPaD identifica quins gens o regions són els millors candidats per al disseny d'un panell específic, basant-se en l'associació coneguda dels gens amb mecanismes de desenvolupament del càncer o resposta a fàrmacs contra aquest i maximitzant el seu coeficient de cost / benefici", comenta Carlota Rubio-Pérez, autora de l'estudi publicat a la revistaGenome Medicine que descriu l'eina. Segons els líders de la investigació, Abel González-Pérez i Núria Lòpez-Bigas, "a causa de la important necessitat que cobreix i la facilitat de la seva utilització, OncoPaD hauria d'esdevenir una eina d'ús freqüent per part d'investigadors clínics i translacionals d'oncologia".

Treball de referència: Rubio-Pérez et al. Rational design of cancer gene panels with OncoPaD. Genome Medicine. 2016 Oct 3. doi:10.1186/s13073-016-0349-1