8/3/2010

iPHACE, un programari que permet explorar visualment l'espai farmacològic

Noticia publicada per la UPF l'1 de març de 2010

El 15 de febrer, la revista internacional Bioinformatics , una de les millors en l'àmbit de les matemàtiques i la biologia computacional, va publicar un article sobre una aplicació web desenvolupada pel Laboratori de Quimiogenòmica, dirigit per Jordi Mestres , dins el Grup de Recerca en Informàtica Biomèdica (GRIB) de la UPF-IMIM.

Amb el títol "iPHACE: integrative navigation in pharmacological space" l'article descriu les funcionalitats d'aquesta nova eina que permet explorar d'una manera gràfica l'espai generat per les interaccions dels fàrmacs amb les proteïnes per les quals tenen afinitat.

Històricament, els pocs recursos dedicats a l'estudi dels perfils farmacològics sobre amplis conjunts de proteïnes i els alts costos d'aquests experiments, han portat a la idea que els fàrmacs actuaven selectivament sobre una o poques proteïnes diana. Actualment, l'abaratiment d'aquests costos i l'aparició de diferents iniciatives per compilar informació pública fins ara dispersa en articles d'aquest camp han resultat en la creació de grans repositoris de dades d'interacció que creixen dia a dia.

Aquestes dades són habitualment consultables en llocs web independents però per poder analitzar aquest gran volum d'informació i tenir-ne una idea global és necessari el desenvolupament de noves eines integradores. Amb aquesta intenció es va desenvolupar iPHACE que en una primera versió conté informació d' aproximadament 750 fàrmacs vers unes 180 proteïnes diana.

El primer pas consisteix en capturar la informació rellevant continguda en els diferents sistemes informàtics d'emmagatzement o repositoris i donar-li un format comú. Després, els diferents elements s'ordenen segons esquemes de classificació adequats i es presenten a l'usuari per a que pugui extreure'n la informació associada. Un cop fet això, es carreguen totes les dades a la base de dades de l'eina i a partir d'aquest moment ja es pot consultar lliurement a través de la web.

iPHACE permet, per exemple, veure la llista de proteïnes associades als fàrmacs que tenen afinitat per una proteïna diana concreta. Alhora, aplicant un filtre estructural, es pot estudiar quines són les proteïnes diana dels fàrmacs que contenen una estructura química determinada. Anant més enllà, una de les característiques més innovadores d'aquesta aplicació és la possibilitat de comparar els perfils farmacològics dels diferents fàrmacs, la qual cosa permet ressaltar relacions que si es consideressin les afinitats individualment passarien inadvertides.

Referencia article: Garcia-Serna R, Ursu O, Oprea T, Mestres J. iPHACE: Integrative navigation in pharmacological space. Bioinformatics 2010, in press.